The Influenza A Virus M2 Protein trans-Complementation System Offers a Set of Tools for the Undergraduate Virology Laboratory.

The Influenza A Virus M2 Protein trans-Complementation System Offers a Set of Tools for the Undergraduate Virology Laboratory.

An genuine, hands-on expertise in the laboratory is a crucial half of any undergraduate biology course.

However, there are a restricted quantity of mammalian virus methods that college students can work with safely in an undergraduate educating laboratory.

For many methods, the danger to the college students is just too excessive. The influenza A virus M2 protein trans-complementation system bridges this hole.

This system consists of a virus with mutations that stop the expression of the important M2 protein; due to this fact this virus can solely replicate in a cell line that gives M2 in trans.

Here, we describe the use of this technique to hold out hemagglutination, real-time reverse transcriptase PCR, 50% tissue tradition infectious dose, and plaque assays in an undergraduate lab setting.

The Influenza A Virus M2 Protein trans-Complementation System Offers a Set of Tools for the Undergraduate Virology Laboratory.
The Influenza A Virus M2 Protein trans-Complementation System Offers a Set of Tools for the Undergraduate Virology Laboratory.

Development and implementation of evidence-based laboratory security administration instruments for a public well being laboratory.

We developed an evidence-based steady high quality enchancment (CQI) cycle for laboratory security as a methodology of using survey knowledge to enhance security in a public well being laboratory setting.

• Expert Opinion: The CQI cycle begins with the solicitation of laboratory workers enter by way of an annual survey addressing potential chemical, bodily and radiological hazards related to a number of laboratory actions. The survey collects frequency, severity and publicity knowledge associated to those actions in the context of the most pathogenic organisms dealt with not less than weekly.

• Gap Analysis: Step 2 of the CQI cycle used survey knowledge to determine areas needing enchancment. Typically, the conventional two-dimensional danger evaluation matrix is used to prioritize mitigations. However, we added an extra dimension – frequency of publicity – to create three-dimensional danger maps to higher inform and talk danger priorities.

• Mitigation Measures: Step 3 of the CQI cycle was to make use of these outcomes to develop mitigations. This included evaluating the recognized dangers to find out what danger management measures (elimination, substitution, engineering, administrative or PPE) had been wanted. In the 2016 iteration of the CQI cycle described right here, all mitigations had been primarily based on administrative controls.

• Evaluation and Feedback: The final step of the CQI cycle was to judge the inferred results of interventions by means of subsequent surveys, permitting for qualitative evaluation of intervention effectiveness whereas concurrently restarting the cycle by figuring out new hazards. Here we describe the instruments used to drive this CQI cycle, together with the survey device, danger evaluation methodology, design of interventions and inference of mitigation effectiveness.

Laboratory Risk Indicator for Necrotizing Fasciitis of the Oro-Cervical Region (LRINEC-OC): A Possible Diagnostic Tool for Emergencies of the Oro-Cervical Region.

Laboratory Risk Indicator for Necrotizing Fasciitis of the Oro-Cervical Region (LRINEC-OC): A Possible Diagnostic Tool for Emergencies of the Oro-Cervical Region.

Oro-cervical necrotizing fasciitis (OCNF) therapy requires early surgical debridement and opening of the wound, and due to this fact, early analysis is essential.

The Laboratory Risk Indicator for Necrotizing Fasciitis (LRINEC) rating primarily based on blood take a look at knowledge has just lately been proposed as an auxiliary diagnostic software. However, in some instances, it’s tough to diagnose OCNF.

We carried out a pooled evaluation of sufferers with OCNF at Gunma University Hospital and literature instances, with the purpose of designing a brand new auxiliary diagnostic software for OCNF by including bodily traits of the oro-cervical area to blood take a look at knowledge in the first examination.

Univariate and multivariate logistic regression was used to pick out predictors of OCNF. The LRINEC-Oro-Cervical (OC) rating was then designed utilizing correlation coefficients of objects chosen in logistic regression evaluation.

A cutoff worth for the LRINEC-OC rating was decided utilizing receiver working attribute (ROC) curve evaluation.ResultsCRP, WBC, Cr, and pores and skin flare in the cervical and precordial areas have been extracted as impartial elements (p < 0.05) and evaluated as predictors of OCNF.

The LRINEC-OC rating for the prediction of OCNF was designed utilizing the regression coefficients in logistic evaluation.

The cutoff worth for the LRINEC-OC rating was 6 factors with a sensitivity of 88.5% and a specificity of 93.4%, and the AUC was 0.909.Delays in analysis and surgical therapy for OCNF led to a deadly prognosis, and the potential utility of the LRINEC-OC rating for bettering the prognosis was proven on this research.

Laboratory Risk Indicator for Necrotizing Fasciitis of the Oro-Cervical Region (LRINEC-OC): A Possible Diagnostic Tool for Emergencies of the Oro-Cervical Region.
Laboratory Risk Indicator for Necrotizing Fasciitis of the Oro-Cervical Region (LRINEC-OC): A Possible Diagnostic Tool for Emergencies of the Oro-Cervical Region.

In Silico Laboratory: Tools for Similarity-Based Drug Discovery.

Computational strategies that predict and consider binding of ligands to receptors implicated in several pathologies have grow to be essential in trendy drug design and discovery.

Here, we describe protocols for utilizing the just lately developed bundle of computational instruments for similarity-based drug discovery. The ProBiS stand-alone program and net server enable superimposition of protein buildings in opposition to giant protein databases and predict ligands primarily based on detected binding web site similarities.

GenProBiS permits mapping of human somatic missense mutations associated to most cancers and non-synonymous single nucleotide polymorphisms and subsequent visible exploration of particular interactions in connection to those mutations.

We describe protocols for utilizing LiSiCA, a quick ligand-based digital screening software program that permits simple screening of giant databases containing billions of small molecules.

Finally, we present the use of BoBER, an internet interface that permits user-friendly entry to a big database of bioisosteric and scaffold hopping replacements.

Metatranscriptomics as a tool to identify fungal species and subspecies in mixed communities – a proof of concept under laboratory conditions.

Metatranscriptomics as a tool to identify fungal species and subspecies in mixed communities - a proof of concept under laboratory conditions.

High-throughput sequencing (HTS) permits the period of big portions of genome sequence info at a low-cost worth. Organisms in mixed microbial communities can now be sequenced and acknowledged in a custom-neutral means, usually using amplicon sequencing of a DNA barcode.

Bulk RNA-seq (metatranscriptomics) has a quantity of advantages over DNA-based totally amplicon sequencing: it is a lot much less inclined to amplification biases, it captures solely residing organisms, and it permits a larger set of genes to be used for taxonomic identification. Using a model mock group comprising 17 fungal isolates, we evaluated whether or not or not metatranscriptomics can exactly identify fungal species and subspecies in mixed communities.

Overall, 72.9% of the RNA transcripts had been categorized, from which the overwhelming majority (99.5%) had been appropriately acknowledged on the species diploma. Of the 15 species sequenced, 13 had been retrieved and acknowledged appropriately. We moreover detected stress-diploma variation all through the Cryptococcus species complexes: 99.3% of transcripts assigned to Cryptococcus had been categorized as one of the four strains used in the mock group.

Laboratory contaminants and/or misclassifications had been varied, nonetheless represented solely 0.44% of the transcripts. Hence, these outcomes current that it is attainable to purchase appropriate species- and stress-diploma fungal identification from metatranscriptome info as prolonged as taxa acknowledged at low abundance are discarded to stay away from false-positives derived from contamination or misclassifications.

This look at highlights every the advantages and current challenges in the equipment of metatranscriptomics in scientific mycology and ecological analysis.

Metatranscriptomics as a tool to identify fungal species and subspecies in mixed communities - a proof of concept under laboratory conditions.
Metatranscriptomics as a tool to identify fungal species and subspecies in mixed communities – a proof of concept under laboratory conditions.

New laboratory views for evaluation of vivax malaria contaminated victims: a useful tool for an an infection monitoring.

In newest years, the amount of cases with excessive Plasmodium vivax malaria has confirmed an rising sample. It is, due to this truth, essential to identify routine laboratory markers that biggest characterize the acute sickness part and can serve as a tool for scientific adjust to-up of victims.

In a cohort look at, we adopted 87 victims with acute P. vivax monoinfection acquired in an endemic space of the Brazilian Amazon. Forty-two completely completely different biochemical and hematological parameters steadily examined in scientific routine had been evaluated on the acute part and the convalescent part.

A whole of 42 laboratory exams had been carried out: biochemical parameters measured had been serum lipids ranges, aminotransferases, bilirubin, amylase, glucose, urea, creatinine, albumin, globulin, uric acid, C-reactive protein, and alpha-1-acid glycoprotein.

Hematological parameters included entire and differential white blood cell and platelet counts, hemoglobin focus, suggest platelet amount, platelet width distribution, and plateletcrit. Our outcomes current that a quantity of biochemical and hematological parameters had been associated to acute part P. vivax malaria and these parameters reverted to common values in the convalescent part.

The use of these parameters all through prognosis and adjust to-up of the an an infection is a useful scientific tool to think about the scientific course and therapeutic response of victims with uncomplicated vivax malaria.

Accords et fusions

NimbleGen acheté par Roche

June 26th, 2007
NimbleGen est une spinoff de l’université du Wisconsin-Madison. Créée en 1999, la société est spécialisée dans l’analyse génomique à haut débit et notamment dans les puces ADN. Elle préparait une entrée en bourse mais vient d’être achetée par le géant suisse Roche pour 272 millions de dollars. Stan Rose, CEO de NimbleGen annonce cela comme une sortie plus aisée pour les investisseurs et parle d’un accord « gagnant-gagnant-gagnant » pour Roche, les investisseurs ainsi que les employés de NimbleGen.

Rédaction : JP pour le FIB

Premier bilan du biotherabiz jugé positif par atlanpole

June 26th, 2007
Nous n’avions pas manqué de vous annoncer ces deux jours (18 & 19 juin 2007) de convention d’affaires dédiés aux biothérapies. À l’heure du bilan sur le « BiotheraBiz », Atlanpole se veut positif et annonce un « essai transformé ». En chiffres, cette convention a réuni : 120 participants, plus de 80 entreprises et laboratoires, 7 bioclusters européens, 7 nationalités. Cela a permis d’organiser plus de 160 rendez-vous d’affaires et de proposer 60 brevets et savoir-faire commercialisables lors d’une « foire aux brevets ».

BioMérieux signe avec Eiken Chemical

June 26th, 2007
BioMérieux, groupe lyonnais « leader mondial du diagnostic in vitro » que l’on ne présente plus, et le japonais Eiken Chemical, viennent de conclure un accord de production. Ainsi Eiken sera en charge de la fabrication des milieux de culture que BioMérieux commercialise sur le marché japonais. « Cette nouvelle collaboration entre dans la stratégie de bioMérieux de devenir, d’ici à 2012, le leader mondial incontesté en microbiologie et de renforcer sa présence en Asie ».


June 21st, 2007
Les scientifiques de l’Université de Calgary dévoilent “l’humain virtuel” (information)
Connu dans la communauté biomédicale sous le nom de la “Cave”, le Sun Center of Excellence (COE) for Visual Genomics de la faculté de médicine de l’Université de Calgary a créé un modèle complet de corps humain en 4 dimensions. Ce modèle a été réalisé par une équipe de 24 personnes dirigée par le Professeur M. Sensen.Ce système nommé CAVEman permet à l’utilisateur de plonger virtuellement à l’intérieur du corps humain. Chaque élément (sections du squelette, vaisseaux sanguins, muscles, organes), représentés par des modèles informatiques, peut être vu. L’impact d’une maladie et l’effet de réactions biochimiques est supporté par le modèle et le chercheur peut évaluer de visu les conséquences dans le corps humain.À l’heure actuelle, le simulateur est utilisé pour la réadaptation de prothèse d’osséointégration craniofaciale et maxillo-faciale (COMPRU) de l’Hôpital communautaire Misericordia, à Edmonton. Les attentes de ce projet sont énormes dans les domaines de la prévention et du traitement des maladies comme le cancer, le diabète, la maladie d’Alzheimer et la maladie de Parkinson ; de la planification pré-chirurgicale, de l’établissement de diagnostics et même de la cartographie génomique.

Source : Ambassade de France aux Canada


June 21st, 2007
Reprogrammation de cellules normales tissulaires en cellules souches : une avancée majeure
“Trois études indépendantes, publiéés cette semaine dans la revue Nature et la nouvelle revue Cell Stem cells, et impliquant des équipes de UCLA, Harvard, du Whitehead Institute et de l’Université de Kyoto, montrent que des cellules de souris différenciées peuvent être reprogrammées pour donner naissance à tout type de tissu. L’expression de seulement quatre facteurs de transcription (Oct4, Sox2, c-Myc et Kif-4) dans le noyau d’un fibroblaste de souris est suffisante pour conférer un état pluripotent au fibroblaste, et donner naissance à ce que l’on appelle une “cellule souche pluripotente induite” (iPS), ayant toutes les caractéristiques d’une cellule souche embryonnaire.Les implications d’une telle découverte sont potentiellement immenses. La reprogrammation de cellules souches adultes en cellules souches embryonnaires pourrait générer une source illimitée de cellules immuno-compatibles pour la génération de tissus et la médecine transplantatoire (..)”
Source : Ambassade de France aux USA

Le cerveau des souris perméable à la thérapie génique

June 21st, 2007
“Plusieurs équipes de biologistes américains et sud-coréens, coordonnées par Premlata Shankar et N. Swamy Manjunath, de l’Institut de recherches biomédicales (Harvard Medical School, Boston, Massachusetts), ont annoncé, dimanche 17 juin, sur le site de la revue scientifique Nature, avoir réussi, chez la souris, à délivrer une forme de thérapie génique au sein du tissu cérébral à partir d’une simple injection intraveineuse. Un tel résultat ouvre la voie à un nouveau champ d’application de ces thérapies qui, jusqu’ici, semblaient ne pas pouvoir franchir la barrière hémato-encéphalique. On désigne ainsi une forme de frontière anatomique et physiologique assurant la filtration de différentes substances moléculaires entre le sang circulant et le liquide céphalo-rachidien. Ce système isole – à des fins de protection – l’ensemble des tissus du système nerveux central du reste de l’organisme. Il limite aussi, de ce fait, les actions thérapeutiques, médicamenteuses notamment, à visée cérébrale (…)”.

Le Monde, par Jean-Yves Nau, le 19.06.07

Clonage thérapeutique réussi chez un primate

June 21st, 2007
Des chercheurs ont annoncé avoir obtenu des lignées de cellules souches à partir d’embryons de singes clonés. Ces résultats, s’ils sont confirmés, constitueraient une première et une avancée importante vers le clonage thérapeutique humain.
” Jusqu’à présent, la technique de clonage utilisée pour reproduire la brebis Dolly en 1997 n’a donné aucun résultat chez les primates. L’annonce faite lundi par des chercheurs américains, lors de la réunion de la Société de recherches sur les cellules souches (SSCR) à Cairns, en Australie, a donc eu son petit effet. L’équipe de Shoukhrat Mitalipov affirme avoir cloné un singe rhésus macaque grâce à la technique de transfert nucléaire, qui consiste à placer le noyau d’une cellule adulte dans un ovocyte énucléé (…)”.
Sciences et, par Cécile Dumas, le 20.06.07
La suite sur Le Nouvel Obs

Une résistance “accidentelle” de la grippe aux traitements

June 21st, 2007
Le virus saisonnier de la grippe serait devenu résistant à des antiviraux grâce à une mutation qui n’était pas directement dirigée contre ces traitements, selon une étude américaine.
“Face à la rapide progression des résistances du virus de la grippe à deux antiviraux très utilisés, amantadine et rimantadine, des chercheurs américains ont passé au crible le génome de plusieurs souches de virus grippaux H3N2 (grippe saisonnière) pour mieux comprendre comment cette résistance s’était répandue. Curieusement, c’est une mutation classique du virus, destinée à améliorer son fonctionnement, qui serait en cause et non une mutation directement liée aux interactions entre le virus et les traitements (…)”.
Sciences et, par C.D., le 19.06.07
La suite sur Le Nouvel Obs

Sanofi-Aventis reste fragilisé malgré ses droits retrouvés sur le Plavix

June 21st, 2007
“Bonne nouvelle pour Sanofi-Aventis : le juge fédéral Sydney Stein du “Southern District” de New York a, mardi 19 juin, confirmé jusqu’en 2011 les droits de propriété de Sanofi-Aventis sur le Plavix. Cet antithrombotique, utilisé par 48 millions d’Américains, est le deuxième médicament le plus vendu au monde. Il a généré, en 2006, 8 milliards de dollars (6 milliards d’euros) de chiffre d’affaires dont plus de la moitié aux Etats Unis. Un tel pactole a, depuis plusieurs années, incité les fabricants de génériques à attaquer la validité du brevet sur le marché américain. Le plus audacieux d’entre eux, le canadien Apotex, avait même réussi, en août 2006, à commercialiser six mois durant, une copie du Plavix au nez et à la barbe de Sanofi et de BristolMyerSquibb (BMS) qui le distribuent. Apotex devra pour cela régler un dédit qui sera déterminé ultérieurement (…)”.
Le Monde, par Yves Mamou, le 20.06.07
La suite sur Le

Annonces scientifiques

June 21st, 2007
50 Millions de Dollars pour de Nouvelles Structures de Recherche dédiées aux Cellules Souches Humaines Embryonnaires en Californie
Le bureau de gouvernance ICOC (Independent Citizens Oversight Committee) du CIRM (California Institute for Regenerative Medicine) a approuvé le 5 juin 2007 le versement de 50 millions de dollars à 17 institutions académiques pour financer la construction de laboratoires de recherche partagés. Ces structures de recherche seront disponibles pour accueillir les chercheurs d’ici 6 mois à deux ans.Ce financement est destiné à la création d’espaces de laboratoires dédiés à la culture de cellules souches humaines embryonnaires (hESCs) en particulier celles qui sont exclues de la réglementation fédérale….
Source : Ambassade de France aux USA

Politique et organisation de la recherche en Irlande

Ouverture de l’appel à projets de recherche franco-irlandais “Ulysses”
“Ulysses” est le programme de coopération scientifique franco-irlandais. Il permet d’initier des travaux de recherche en commun entre les deux pays en finançant les frais de déplacement des chercheurs et les échanges entre laboratoires. Il est mis en oeuvre en Irlande par les deux conseils irlandais de recherche : l’IRCSET (’Irish Research Council for Science, Engineering and Technology’) et l’IRCHSS (’Irish Research Council for Humanities and Social Sciences’) en partenariat avec l’Ambassade de France de Dublin et le Ministère français des Affaires étrangères et européennes.L’appel à candidatures a lieu annuellement, il concerne les laboratoires de recherche rattachés à des établissements d’enseignement supérieur, les organismes de recherche ou les entreprises, et désireux de développer des coopérations avec des partenaires de l’autre pays. Tous les domaines scientifiques sont concernés par ce programme à l’exception de la médecine clinique.
La campagne 2007/2008 est désormais ouverte. Les dossiers sont à déposer avant le 30 septembre 2007, auprès d’EGIDE pour la partie française, auprès de l’IRCSET ou de l’IRCHSS pour la partie irlandaise.
Présentation du programme : en ligne : Ambassade de France en Irlande
Source : Le fil de Marianne

Ouverture d’un centre d’excellence Marie Curie sur les membranes biologiques à l’université ‘National University of Ireland, Maynooth’

Le laboratoire Marie Curie pour l’étude des protéines membranaires a été officiellement inauguré à l’université ‘National University of Ireland, Maynooth’ (NUI Maynooth). Ce laboratoire, classé centre d’excellence, est financé par une bourse Marie Curie de l’Union Européenne “Transfert de connaissance”, d’un montant de plus d’un million d’euros. Il est établi au sein du département de biologie de l’université, dans les locaux du ‘Institute for Bioengineering and Agroecology’.Ce projet, coordonné par le Pr Philip Dix du département de biologie, a permis de réunir une équipe de spécialistes des membranes, dirigée par le Pr John Findlay.
Pour en savoir plus : Prof. John Findlay – Institute of Bioengineering and Agroecology, Department of Biology, National University of Ireland Maynooth, Co. Kildare, Ireland – email :
Source : Bulletin de l’Ambassade de France en Irlande